Idea motosikal baharu 50 cc ini muncul pada tahun 1956, apabila Soichiro Honda dan Takeo Fujisawa melawat Jerman dan menyaksikan populariti moped dan motosikal ringan.[7] Soichiro Honda menumpukan terhadap aspek kejuruteraan serta merupakan pemimpin pengeluaran, manakala rakan baiknya Fujisawa merupakan pakar dalam bidang kewangan dan perniagaan, memimpin jualan serta menghasilkan formula dan strategi untuk menguasai pasaran dan seterusnya menewaskan pencabar Honda Motor.[8] Fujisawa sudah lama memikirkan tentang strategi jangka panjang, dan tidak seperti syarikat Jepun, dia tidak mahu sewenang-wenangnya meningkatkan pengeluaran dan kemudiannya membawa kepada ledakan ekonomi terkini di Jepun.[7] Motosikal kecil tetapi berprestasi tinggi merupakan asas rancangannya.[7] Biasanya masyarakat Eropah pasca perang berhijrah daripada penggunaan basikal kepada basikal berenjin, dan seterusnya membeli skuter, kereta buih, dan kemudiannya kereta kecil dan seterusnya; Fujisawa melihat bahawa motosikal tidak padan dengan corak sebegini bagi orang biasa, dan dia melihat peluang untuk mengubahnya.[9] Soichiro Honda pada masa itu sudah jemu kerana asyik mendengar ceramah Fujisawa mengenai idea motosikal barunya; Honda datang ke Eropah untuk memenangi perlumbaan Isle of Man TT serta mahu memikirkan perkara lain.[7]

Mereka pergi ke bilik pameran motosikal dan meneliti model-model seperti motosikal Kreidler dan Lambretta untuk mencari motosikal yang terlintas dalam fikiran Fujisawa, tetapi gagal menemuinya, sebaliknya hanya melihat rekaan yang disifatkan Fujisawa sebagai "tiada masa depan" dan tak akan laku.[7][10] Konsepnya ialah motosikal dua roda untuk orang biasa, sesuai digunakan di negara maju mahupun mundur, bandar ataupun kampung.[9] Motosikal baharu itu mestilah sangat ringkas supaya boleh bertahan di kawasan yang tiada pengetahuan mencukupi serta tiada capaian terhadap peralatan termaju ataupun kekurangan bekalan alat ganti.[9] Rungutan pelanggan sering merungut tentang bunyi bising, kebolehpercayaan lebih rendah, terutamanya dalam sistem elektrik, serta kesukaran am untuk menggunakan motosikal turut diutarakan.[9] Disebabkan Honda sebuah syarikat besar, ia memerlukan produk menarik yang boleh dihasilkan dalam jumlah yang besar. Skuter hampir berjaya memenuhi kriteria tersebut, tetapi terlalu rumit bagi penduduk pedalaman, dan roda-roda kecilnya tidak selesa digunakan di atas jalan tanah ataupun jalan kampung.[9][11] Satu lagi keperluan Fujusawa ialah penunggang boleh menggunakannya dengan sebelah tangan memikul sedulang mi soba, berkata kepada Honda, "Kalau awak mampu mereka sebuah motosikal kecil,katakan 50 cc dengan penutup yang melindungi enjin, hos dan virus, saya boleh jual. Saya tak tahu berapa banyak kedai soba di Jepun, tetapi saya berani bertaruh bahawa setiap kedai akan mahu satu untuk penghantaran."[10][12][11]

Sebaik sahaja berminat, Soichiro Honda mula membangunkan Super Cub sebaik tiba di Jepun.[7] Pada tahun berikutnya Honda menunjukkan satu model olok-olok kepada Fujisawa yang akhirnya memenuhi kriteria yang terlintas dalam kepalanya, dan Fujisawa mengisytiharkan jumlah jualan bakal mencecah 30,000 unit sebulan, separuh daripada jumlah jualan pasaran motosikal Jepun.[7] Matlamatnya ialah untuk menjual pada satu skala yang belum dapat dilihat dalam keadaan ekonomi Jepun pasca perang yang masih huru-hara.[7] Honda mungkin perlu menubuhkan anak syarikat luar negara untuk membekalkan servis dan pengagihan alat ganti di sebuah negara besar seperti Amerika Syarikat. Untuk memenuhi keperluan itu, American Honda Motor Company ditubuhkan pada tahun 1959.[7] Pada tahun 1961 satu rangkaian jualan telah ditubuhkan di Jerman, diikuti Belgium dan UK pada tahun 1962, dan seterusnya Perancis pada tahun 1964.[8]

Honda Juno merupakan skuter pertama yang menggunakan resin poliester, atau plastik diperkuat gentian kaca (FRP), dan sungguhpun pengeluarannya dihentikan pada tahun 1954 akibat masalah kewangan dan tenaga manusia pada ketika itu, Fujisawa terus menggalakkan kajian teknik acuan resin poliester, dan ia membuahkan hasil pada Cub.[7] Pengadang kaki motosikal baharu ini menggunakan polietilena, plastik yang paling banyak digunakan, yang lebih ringan daripada FRP, tetapi pembekal Honda belum pernah membuat acuan sebegitu besar sebelum ini, maka acuannya perlu disediakan sendiri oleh Honda.[11] Honda Cub merupakan motosikal pertama yang menggunakan pelindung plastik.[13] Sejarawan motosikal Clement Salvadori (juga wartawan majalah Roda-Roda) menulis bahawa fender hadapan dan perisai kaki plastik "merupakan sumbangan terbesar Cub; plastik mampu berfungsi sebaik logam pada kos yang lebih rendah."[14] Teknologi yang dibangunkan daripada program perlumbaan Isle of Man TT sama penting bagi motosikal ringan baharu ini, menghasilkan 3.4 kilowatt (4.5 hp) daripada enjin empat lejang 50 cc, di mana enjin pertama yang dibina oleh syarikat iaitu "salinan serupa" enjin dua lejang Tohatsu zaman perang yang digunakan sebagai enjin tambahan bagi basikal berenjin, yang hanya mampu menghasilkan keluaran kuasa 0.37–0.75 kilowatt (0.5–1 hp).[7][8] Motosikal empat lejang pertama Honda, model 1951 E-type, lebih berkuasa sedikit daripada Cub iaitu 3.7 kilowatt (5 bhp), tetapi dengan sesaran hampir tiga kali ganda iaitu 146 cc.[8]

Untuk membina motosikal baharu itu, Honda membina sebuah kilang berharga ¥10 billion di Suzuka, Mie untuk mengeluarkan 30,000, dan dengan dua syif, 50,000, Honda Cub sebulan.[7][15] Kilang tersebut dimodelkan mengikut barisan pengeluaran Volkswagen Beetle di Wolfsburg, Jerman.[15] Sebelum itu, model terlaris Honda pada ketika itu hanya terjual 2,000 hingga 3,000 sebulan, dan pemerhati memikirkan kos kilang tersebut terlalu berisiko untuk dilaburkan.[7] Edward Turner dari BSA pergi ke Jepun untuk melihat industri motosikal di sana pada September 1960, dan berkata pelaburan bagi kilang sebesar kilang Suzuka "terlalu berbahaya" kerana pasaran motosikal ASA sudah pun tepu.[15] Semasa siap pada tahun 1960, kilang Suzuka menjadi kilang motosikal terbesar di dunia, serta menjadi model kemudahan pengeluaran besar-besaran Honda pada masa hadapan.[7] Skala ekonomi yang dicapai di kilang Suzuka sahaja sudah menjimatkan 18% daripada kos pengeluaran Cub semasa kilang Suzuka boleh beroperasi pada kapasiti penuh,[15] tetapi dalam jangka masa singkat Honda menghadapi masalah lambakan inventori semasa kilang baharu itu beroperasi sebelum rangkaian jualan dan pengedaran penuh dihasilkan.[7]